Operacja zeza polega na przemieszczeniu mięśni poruszających gałka oczna. W trakcie zabiegu nie zostaje naruszona ściana gałki ocznej, w związku z tym zabieg zaliczany jest to zabiegów zewnatrzgałkowych, dużo zadziej związanych z powikłaniami zagrażającymi widzeniu.

Najczęstsze niepowodzenia to niedokorygowanie lub przekorygowanie ustawienia oczu. Pomimo szczegółowych wyliczeń przed zabiegiem każdy organizm reaguje inaczej na podobne procedury, co może powodować efekt inny od zamierzonego. Jest to sytuacja w pełni odwracalna. Najczęściej zdarza się w oczach wcześniej operowanych.

Alergiczne odczyny na materiał chirurgiczny (szwy najczęściej) -stosujemy leczenie przeciwalergiczne, czasem wskazana jest ponowna interwencja.

W związku z przecinaniem struktur naczyniowych może dojść do wytworzenia krwiaka rożnie zlokalizowanego. Każdy krwiak się wchłania, a długość tego procesu jest osobniczo zmienna.

Odcięty mięsień należy przyszyć do twardówki, której grubość to mniej niż ½ mm. Czasem może dojść do zbyt głębokiej penetracji igły i przekłucia ściany gałki ocznej. Pacjent dostaje wówczas antybiotyk ogólnie i zaleca się polegiwanie, a w badaniu kontrolnym sprawdzany jest stan siatkówki.

Po operacji zeza może również wystąpić podwójne widzenie, które jest zapowiedzią możliwości pojawienia się widzenia obuocznego, które jest celem leczenia zeza. W zależności od wieku pacjenta operowanego dwojenie może trwać rożnie długo, jedynie u 4 na 1000 pacjentów występuje ono dłużej niż 6 tygodni.